团队一览

以科学高于一切为宗旨,组建强大的肿瘤研究团队,结合引进科学家的学术背景和兴趣,对肿瘤核心科学和临床核心问题集中力量攻关。

孙坤

特聘研究员

联系方式:sunkun@szbl.ac.cn

研究方向

  • 癌症液体活检(Cancer Liquid Biopsy)
  • 生物信息学(Bioinformatics/Computational Biology)
  • 长链非编码RNA(Long noncoding RNA)
  • 大数据挖掘、人工智能、可视化(Data mining/Augmented Intelligence/Data visualization)
更多信息(包括招聘)请访问课题组网站 http://sunkun-lab.szbl.ac.cn/,或个人网站https://hellosunking.github.io/index.html。

荣誉

  • 香港中文大学大学研究奖学金、研究生奖学金

  • 中国科学技术大学优秀学生奖学金

研究方向-示图

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历程

  • 2019 至今
    深圳湾实验室         特聘研究员
  • 2017-2019
    香港中文大学         研究助理教授
  • 2014-2017
    香港中文大学         博士后
  • 2014
    香港中文大学         博士

研究成果

孙坤博士长期从事生物信息学和基于外周血游离DNA的癌症液体活检方法的研究,共发表SCI论文46篇,其中(共同)第一作者或通讯身份27篇,包括Cancer Discovery, Genome Research, PNAS, EMBO Journal等刊物,总被引用2500余次。孙坤博士曾率先研发出基于DNA甲基化水平分析的血浆游离DNA组织成分分析和癌症组织预测方法(Sun et al. PNAS 2015),在液态活检领域有深远影响。通过对血浆游离DNA的裂解机制的研究,孙坤博士发现了具有组织特异性的DNA末端以及其作为生物标记物在无创产前诊断和癌症诊断中的应用前景(Chan et al. PNAS 2016; Sun et al. PNAS 2018; Jiang et al. PNAS 2018),并进一步研发出一套游离DNA组织分析的算法(Sun et al. Genome Research 2019)。此外,孙坤博士发现DNASE1L3是游离DNA的形成中的一个重要参与者(Lee et al. PNAS 2019),直接影响了游离DNA的末端碱基模式,并可用于癌症诊断(Jiang et al. Cancer Discovery 2020)。


孙坤博士在长链非编码RNA(lncRNA)领域也有涉及,曾首次报道转录因子可直接参与lncRNA的调控(Lu et al. EMBO Journal 2013),以及lncRNA可以通过改变转录因子(蛋白质层面)与DNA的结合来调节基因的表达(Zhou et al. Nature Communications 2015),揭示了lncRNA与转录因子相互作用的新机制。此外,孙坤博士开发出了多款用于lncRNA的鉴定的生物信息学软件(Sun et al BMC Genomics 2013; Sun et al. Briefings in Bioinformatics 2020)。

代表性研究成果

Sun K#, Jiang P#, Chan KCA#, Wong J, Cheng YK, Liang RH, Chan WK, Ma ES, Chan SL, Cheng SH, Chan RW, Tong YK, Ng SS, Mong RSM, Hui DS, Leung TN, Leung TY, Lai PBS, Chiu RWK, Lo YMD. Plasma DNA tissue mapping by genomewide methylation sequencing for noninvasive prenatal, cancer and transplantation assessments. Proc Natl Acad Sci U S A 2015 Oct 6; 112(40):E5503-12. (#共同第一作者)

Sun K*, Jiang P, Cheng SH, Cheng THT, Wong J, Wong VWS, Ng SSM, Ma BBY, Leung TY, Chan SL, Mok TSK, Lai PBS, Chan HLY, Sun H, Chan KCA, Chiu RWK, Lo YMD*. Orientation-aware plasma cell-free DNA fragmentation analysis in open chromatin regions informs tissue of origin. Genome Res 2019 Mar; 29(3):418-427. (*共同通讯作者)

Sun K, Jiang P, Wong AIC, Cheng YKY, Cheng SH, Zhang H, Chan KCA, Leung TY, Chiu RWK, Lo YMD. Size-tagged preferred ends in maternal plasma DNA shed light on production mechanism and show utility in noninvasive prenatal testing. Proc Natl Acad Sci U S A 2018 May 29; 115(22):E5106-E5114.

Jiang P#, Sun K#, Peng W#, Cheng SH, Ni M, Yeung PC, Heung MMS, Xie T, Shang H, Zhou Z, Chan RWY, Wong J, Wong VWS, Poon LC, Leung TY, Lam WKJ, Chan JYK, Chan HLY, Chan KCA, Chiu RWK, Lo YMD. Plasma DNA end motif profiling as a fragmentomic marker in cancer, pregnancy and transplantation. Cancer Discov 2020 May; 10(5):664-673. (#共同第一作者)

Zhou L#, Sun K#, Zhao Y#, Zhang S, Wang X, Li Y, Lu L, Chen X, Chen F, Bao X, Zhu X, Wang L, Tang LY, Esteban MA, Wang R, Jauch R, Sun H, Wang H. Linc-YY1 promotes myogenic differentiation and muscle regeneration through an interaction with the transcription factor YY1. Nat Commun 2015 Dec 11; 6:10026. (#共同第一作者)